Інформація про ЦККП міститься на веб-сторінці Інституту мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України. Така сама інформація про всі ЦККП НАН України і їх базові установи в НАН України розміщується на веб-сторінці Президії НАН України
Наукові установи та організації НАН України, які мають потребу в проведенні досліджень на науковому обладнанні ЦККП НАН України (далі – замовники), два рази на рік, до 15 січня і до 15 червня подають у письмовому вигляді до Бюро Відділення молекулярної біології, експериментальної і клінічної фізіології НАН України, свої заявки на кількість годин, строки та види досліджень, проведення яких потребує використання наукових приладів і обладнання ЦККП. Завірені печаткою та завізовані керівником установи, копії заявок подаються до Інституту мікробіології і вірусології НАН України для внесення замовень в план роботи ЦККП.
Бюро Відділення молекулярної біології, експериментальної і клінічної фізіології НАН України за поданням директора Інституту мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України, затверджує загальний розподіл між замовниками робочого часу, відведеного для колективного користування науковим обладнанням ЦККП.
Директор Інституту мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України своїм наказом, узгодженим з Бюро Відділення молекулярної біології, експериментальної і клінічної фізіології НАН України, визначає графік роботи ЦККП та окремих наукових приладів/обладнання, встановлює необхідну кількість робочих змін на робочий день з урахуванням режиму роботи наукової установи і потреб вчених НАН України у використанні наукових приладів/обладнання.
При плануванні часу роботи ЦККП НАН України затверджується такий розподіл: для роботи в одну зміну (8 годин робочого часу) 3 години надається для потреб базової наукової установи ЦККП, 3 години надається безкоштовно для замовників – інших наукових установ та організацій НАН України, 2 години дозволяється надавати для платного використання обладнання ЦККП іншим установам, підприємствам та організаціям, які не перебувають у віданні НАН України, згідно з чинним законодавством.
Платні послуги з використання наукового обладнання ЦККП НАН України для потреб інших замовників надаються згідно з чинним законодавством України.